Hast Du Dir das mit den "file associations" in Thunar mal angesehen?
Ich habe mal etwas recherchiert, leider verwende ich selber kein XFCE / Thunar. 
Aber Thunar benutzt externe Tools um die Thumbnails (Vorschaubildchen) 
zu generieren (
http://goodies.xfce.org/projects/thunar ... umbnailers).
Im Fall von RAW-Dateien (und ich nehme an damit sind auch NEFs gemeint) 
sind das entweder "raw-thumbnailer" (
http://code.google.com/p/raw-humbnailer), 
welches  wiederum die "libopenraw" und "GDK" als Dependency benoetigt 
oder das bekannte "dcraw" (
http://cybercom.net/~dcoffin/dcraw).
Du kannst daher mal versuchen herauszufinden ob diese Tools in aktueller
Version installiert sind und ob diese auf der Kommandozeile mit den 
beiden Varianten (Upper/Lower-Case) funktionieren.
Noch eine Idee van mir ist in diesem Zusammenhang, ob in beiden 
NEF-Varianten ein TIFF-Vorschaubild eingebettet ist. Ich vermute, dass
aus Performancegruenden das TIFF fuer die Vorschau verarbeitet wird.
Ansonsten mal in einem XFCE Forum das Problem schildern oder 
an die Thunar Entwickler wenden. Ggf. kann ich Dir auch bei der 
Uebersetzung ins Englische behilflich sein.
Edit: 
Was Du auch noch machen kannst ist die MIME-Typen der beiden
NEF-Versionen zu vergleichen. Ggf. das Tool mimetype installieren.
und dann ein 
Code: Alles auswählen
$ mimetype -a _dsc0009.nef 
_dsc0009.nef: image/x-nikon-nef
_dsc0009.nef: image/tiff
_dsc0009.nef: application/octet-stream
Wenn diese unterschiedlich sind mit diesen Informationen mal die Konfigurationsfiles von raw-thumbnailer, bzw. Thunar untersuchen.
Ggf. selbst einen Thumbnailer konfigurieren lt. Anleitung: 
Customizing Thunar
Damit hast Du bis zum Wochenende erstmal genug zu tun ... 
