NikonPoint

Jede Digital-Kamera die mir jemals in die Hand gekommen ist läßt sich per USB-Kabel an jeden Rechner anschließen, weshalb sollte das mit der D60 nicht gehen? Ich denke Du meinst da was anderes, was auch immer, aber vermutlich werden die neueren Kameras das auch nicht anders machen als die D60.

Aber nochmal was zum AF: wenn Du tatsächlich und erstaunlicherweise vorwiegend manuell fokusierst, dann hätte eine D90 oder D7000 aber schon Vorteile: diese Kameras haben nämlich einen deutlich größeren Sucher wodurch man leichter scharf stellen kann. Du kennst ja den Sucher der D700 und siehst den Unterschied zur D60, die D90 und D7000 gehen eher in Richtung D700 bzgl. Sucher.
Und, wenn Du eine Vorliebe für's manuelle Fokusieren hast, würde ich mir ein paar alte, rein manuelle Linsen ansehen (siehe z.B. die Rubrik MF-Objektive hier im NikonPoint). Die gibt es für relativ wenig Geld, sie haben teilweise erstaunlich gute optische Eigenschaften, und sie lassen sich viel besser manuell fokusieren. Dann aber sollte es auch eine D7000 sein weil damit dann auch die Belichtungsmessung funktionieren würde.

Nach drei Jahren D60 würde ich versuchen auch funktionell aufzusteigen.
Die Megapixel sind imho völlig unwichtig.

Ein größerer Sucher, ein 2. Einstellrad und eine Abblendtaste finde ich grade für Makros sehr vorteilhaft.
Für den Fall daß irgendwann Blitze eingesetzt werden sollen wäre eine eingebaute Blitzfernsteuerung auch nicht das verkehrteste.
Ein paar weitere Funktionen haben mich damals von der D50 zur D200 gebracht.

Pro D90 (Allerdings weiß ich nicht ob diese das tethering beherrscht.)
Ansonsten Pro D7000.

Übrigens, mit den genannten Zoom Objektiven ist der limitierende Faktor sicher nicht bei den Megapixeln zu suchen